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Sommaire
FAUNAFRI: un observatoire de la biodiversité dédié aux espèces de poissons d’eaux douces et saumâtres d’Afrique
Objectifs de l’application Au sommet de la Terre à Rio en 1992, sous l’égide de l’ONU, tous les pays ont décidé, par une convention mondiale sur la biodiversité, de donner la priorité à la protection et à la restauration de la diversité du vivant, considérée comme une des ressources vitales du développement durable. Le «Grenelle de l’Environnement», organisé en France en octobre 2007, a fait revenir la préservation de la biodiversité sur le devant de la scène. Le rapport du groupe II «Préserver la biodiversité et les ressources naturelles» souligne l’importance de mettre à disposition de tous, par une entrée unique et accessible, l’information sur la diversité naturelle. «FAUNAFRI» couvre ce champ d’action en mettant en place une plate-forme ouverte destinée à rassembler et conserver les données d’inventaire des espèces de poissons d’eaux douces et saumâtres d’Afrique dans une base de données géographique centralisée.
Description technique La première phase du projet «FAUNAFRI» a permis de mettre en place un SIG de référence pour l’ensemble des États d’Afrique afin de localiser correctement les données d’inventaire des poissons existantes. Comme données géographiques primaires, nous avons retenu différentes bases existantes (tabl. 1). Les données d’inventaire de poissons proviennent de la base de données «FishBase» qui a été contrôlée puis corrigée, des collections de différents musées, de données originales de l’IRD et de diverses publications scientifiques. La synthèse actuelle n’est cependant pas exhaustive.
Le SIG en ligne se construit autour d’une base de données PostgreSQL et PosGIS. Les images raster sont mises à disposition par l’UMN Mapserver. Toute l’interface de FAUNAFRI est réalisée entièrement en SVG. L’application utilise des scripts php et Ajax pour récupérer uniquement les données nécessaires de manière asynchrone à partir de la base de données côté serveur. Le langage JavaScript côté client est utilisé pour interpréter les fragments SVG envoyés par le serveur et pour l’affichage de contenus dynamiques au sein de la page principale. L’interface graphique L’interface graphique de l’application permet de cartographier, d’analyser et de comparer la répartition géographique des familles, des genres et des espèces de poissons à l’échelle du continent jusqu’au niveau de point de capture de chaque espèce. L’utilisateur a le choix entre plusieurs niveaux d’agrégation géographique pour visualiser l’information (fig. 1). Des fonctionnalités supplémentaires permettent d’étudier la répartition des espèces selon la hiérarchisation de l’ensemble des branches du réseau hydrographique d’après une classification de Strahler adaptée. Une interface de recherche permet de chercher des points de capture, des rivières, des lacs et des bassins hydrographiques par leur nom et de les localiser sur la carte. L’outil d’information permet d’afficher une liste de toutes les espèces recensées pour l’unité géographique choisie avec un lien vers, d’une part, la base de données «FishBase», référence internationale qui recense l’information supplémentaire sur les espèces et, d’autre part, la base de données «CLOFFA», un référentiel bibliographique en ligne également développé par l’IRD.
Le développement d’autres fonctionnalités est en cours. Il est prévu, à court terme, d’intégrer un module de cartographie pour les espèces ou genres endémiques, un module destiné à cartographier des indices de biodiversité sous forme de cartes thématiques et un module qui prend en compte le voisinage dans l’analyse de la répartition géographique des espèces en s’appuyant sur la théorie du graphe. Le contexte du développement L’Institut de recherche pour le développement (IRD), établissement public de recherche scientifique et technologique, a pour mission de développer, en partenariat, des projets scientifiques centrés sur la relation entre l’homme et son environnement dans la zone intertropicale. FAUNAFRI a été conçu et mis en place par le secteur Cartographie de l’IRD suite à une demande de l’UR AMAZONE (UR 131) de l’IRD, qui collabore avec le Laboratoire d’ichtyologie du Muséum national d’histoire naturelle de Paris et le consortium FishBase. Au niveau mondial, FishBase a déjà mis en place une base de référence sur Internet pour les poissons qui compte environ 23 millions de consultations par mois. La localisation des espèces n’est que partiellement exploitée par la base de données «FishBase». Elle demande également à être vérifiée, notamment en ce qui concerne l’Afrique. FAUNAFRI constitue donc un complément utile, au niveau continental, pour la cartographie des données d’inventaire. Résultats de l’application Actuellement, FAUNAFRI permet de cartographier la répartition géographique d’environ 100 000 couples poissons/stations capturés en Afrique, c’est-à-dire d’environ 3 000 espèces distinctes récoltées dans 7 000 localités. La base de données multi-échelle restitue l’information géographique à une échelle variant aux environs du 1/30 000 000 au niveau continental jusqu’à l’échelle de 1/750 000 au niveau local (fig. 2).
La biodiversité est de plus en plus associée à la notion de développement durable. La communauté scientifique estime qu’elle est «l’assurance vie de la Terre». Or, depuis quelques dizaines d’années, nous assistons à la disparition des espèces et des milieux naturels à une vitesse sans précédent. Les inventaires actuels des espèces restent cependant incomplets et insuffisants pour obtenir une idée précise de l’ampleur et de la distribution de tous les composants de la biodiversité. FAUNAFRI fournit ainsi une information scientifiquement validée sur la biodiversité des poissons des eaux douces et saumâtres d’Afrique, qui, dans de nombreuses régions, peut être encore considérée comme peu bouleversée. Nous espérons que d’autres organismes rejoindront cette initiative de plate-forme ouverte et qu’ils partageront leurs données d’inventaire pour mieux caractériser et évaluer la biodiversité des espèces de poissons des eaux douces et saumâtres d’Afrique de façon à améliorer le débat public et les prises de décision pour la protection et l’utilisation durable de cette ressource, qui est d’autant plus fondamentale que de nombreux pays africains sont enclavés. D’un point de vue plus fondamental, FAUNAFRI constitue également un outil très précieux dans le domaine de l’écologie et de la biogéographie théoriques, d’autant que les poissons, ne pouvant passer d’un bassin à un autre, constituent un excellent modèle en matière de biogéographie insulaire. Rainer Zaiss*, Didier Paugy** * Conception et réalisation, Institut de recherche pour le développement, Secteur Cartographie, 32, avenue Henri Varagnat, 93143 Bondy. Mail Bibliographie Commission économique pour l’Afrique (2007). Géoinformation dans le développement socio-économique: Détermination des ensembles de données géographiques fondamentales pour l’Afrique. Addis-Abeba, Éthiopia, 61 p. (voir le site) DOOLEY J.F. Jr. (2005). «An inventory and comparison of globally consistent geospatial databases and libraries». Environment and natural resourcesseries, n° 19. Rome: Food and agriculture organization of the United Nations (FAO). 200 p. HELLWEGER F. (1997). AGREE - DEM Surface Reconditioning System. (voir le site) MERWADE V. (2007). Watershed and stream network delineation. (voir le site) PAUGY D., ZAISS R., TROUBAT J.J. (2008) «FAUNAFRI». World Wide Web electronic publication. (voir le site) Contraintes matérielles pour l’utilisation de l’application «FAUNAFRI» utilise le format SVG. L’application est encore en cours de développement. Nous recommandons actuellement comme navigateur l’Internet explorer avec Adobe svg-viewer. Il est nécessaire d’installer Adobe svg-viewer avant la première utilisation. On peut le télécharger gratuitement à l’adresse http://www.adobe.com/svg/viewer/install/. |
